Le Collège Saint Raphaël est né de l’école primaire Saint Donatien construite en 1884-85 au 136, rue du Général Buat ( qui s’appelait alors la rue de Paris ) par les Frères des Ecoles Chretiennes.
En 1937, cette école prend le nom de Saint Jean- Baptiste de la Salle, fondateur de la congrégation qui assure la marche de l’établissement pendant presque un siècle.
La première classe de 6ème est annexée à l’école primaire à la rentrée de 1951.
C’est le début de l’histoire du Collège.
En 1958, un nouveau bâtiment est adjoint au plus ancien. Des salles sont affectées maintenant aux cinquièmes et ateliers.
Avec les années 60, les classes de chaque niveau se multiplient par deux, par trois, et par manque de place, il faut créer une annexe dans des salles de l’école Saint Joseph (rue d’Allonville), puis, trois ans après, dans l’ancienne école Notre-Dame des Anges près du Jardin des Plantes.
En 1972, les Frères laissent la direction à un laïc, M.REMOUE, le collège passe sous tutelle diocésaine. Le collège occupe toutes les salles du 136 rue du Général Buat.
Les classes primaires sont regroupées près de l’école des filles Saint Donatien.
En 1976, les classes en annexe réintègrent la maisonmère.
En 1978, le collège se sépare définitivement de l’école primaire qui devient école mixte Saint Donatien.
Les premières classes pré-professionnnelles de niveau (C.P.P.N) voient le jour avec l’agencement d’ateliers (industriel et cuisine).
En juillet 1980, le bâtiment qui borde la rue du Général Buat est rasé. Tout au long de l’année les élèves assistent alors à l’édification d’une construction importante, comportant: restaurant scolaire, bureaux, salles de cours et laboratoires.
En septembre 1981, la Direction Diocésaine de l’Enseignement Catholique propose la fusion du Collège Sainte Marie, avenue Bascher, que doivent quitter les religieuses, avec le Collège Saint Jean-Baptiste.
A titre transitoire, sous une même direction, les structures pédagogiques sont maintenues dans les deux maisons. Une nouvelle organisation s’avère nécessaire pour la rentrée 1983. Les classes de 6ème sont regroupées à Sainte Marie et celles de 5ème, 4ème et 3ème à Saint Jean-Baptiste.
A la rentrée de septembre 1988, ouverture de nouveaux locaux: construction de 6 classes rue Saint Donatien dont 2 salles de technologie; création de la S.E.S (Section d’Enseignement Spécialisé) Saint Clément en annexe rue Bascher.
En septembre 1992, suite au départ en retraite de M. REMOUE, il est décidé d’unir le lycée L’immaculée (situé rue Saint Charles) et le collège Saint Jean-Baptiste de la Salle sous la direction de Mme DESMONTILS. C’est aussi l’année de l’ouverture de la filière technologique avec les 4è T. La S.E.S s’installe petit à petit dans les locaux de l’Immaculée.
En 1994, M.LAINE prend la direction du Collège, l’Immaculée étant cette fois rattachée au lycée Saint Donatien.
En 1996, la S.E.S devient la S.E.G.P.A (Section d’Enseignement Général et Professionnel Adapté)
En septembre 1998, M LEFEBVRE succède à M.LAINE.
En Juin 1999, par décision du Recteur, c’est la fin des classes de 4ème et 3ème technologiques.
A la rentrée de septembre 2002, la SEGPA ne fait plus partie du Collège. Elle est divisée en deux parties: une au Collège Notre-Dame de Toutes-Aides, l’autre au Collège Externat des Enfants Nantais. Le Collège Saint Jean-Baptiste de la Salle se compose alors de 10 classes réunies sur le seul site de la rue du Général Buat.
En septembre 2003, M. LEBATARD prend la direction du Collège.
De septembre 2007 à août 2012, notre Collège est en partenariat avec le Collège-Lycée Notre Dame de Toutes-Aides, sous la Direction de Monsieur Le Meillour et de la Direction-adjointe de Madame Henry.
Depuis le 1er septembre 2014, le collège a changé de nom et s’appelle désormais le collège Saint Raphaël.
En septembre 2012 Madame Henry devient la directrice jusqu’en août 2020. En septembre 2020 Madame Guihal prend la direction du collège.